投資信託を取引する場合、売却益などに対して税金がかかってきます。まず、税金がかかる場合として、投資信託を購入したときよりも、売却した時の方が値上がりをしていた場合、その利益に対して20.315%の税金がかかります。
投資信託の場合、単純に購入した基準価格に手数料を含めた金額が、税金の計算をする購入金額になるわけではありません。投資信託の種類によっては、分配金を受け取ることがあります。
分配金が貰える決算の時に、購入した時より基準価格が値上がりをしていれば、特に変わりはありません。

しかし決算の時に、購入した時より基準価格が値下がりした場合は、税金の計算をする購入した金額に変化があります。
例えば、購入した基準価格に手数料を含めた単価が10,000円の場合、分配金が100円出たとします。
その時の基準価格が10,000円より値下がりしていた場合、分配金が出た分購入単価が調整され、9,900円となります。
なので、投資信託を売却した場合、税金の計算をする購入単価は、9,900円となります。
そのあとも投資信託を売却せずに、保有しつづけて分配金を貰った場合は、その時の基準価格によって購入単価が変化していきます。この税金の計算をするための購入単価のことを個別元本といいます。

また、投資信託には他にも税金がかかる場合があります。それが分配金です。分配金には、普通分配金と特別分配金の2種類があり、税金がかかる分配金は普通分配金になります。
普通分配金は、分配金が貰える決算の時に、購入単価よりも基準価格が値上がりしていた場合の分配金になります。この普通分配金に対して、20%の源泉所得課税がかかります。
特別分配金は、分配金が貰える決算の時に、購入単価よりも基準価格が値下がりしていた場合の分配金になります。特別分配金には税金はかかりません。
また、普通分配金になるか、特別分配金になるのか基準になる購入単価は、個別元本が基準になります。

確定申告をしなくてもいいケース

投資信託を売却しても、確定申告をしなくてもいいケースがいくつかあります。まず、投資信託を売却した時に損失が出ている場合です。売却益に対して税金がかかってくるので、損失の場合は税金はかかりません。
また、投資信託を売却して利益が出ていた場合でも、確定申告をしなくてもいいケースがあります。それは、特定口座で取引している場合です。
特定口座は株式や、投資信託にかかる税金を、口座のある金融機関が計算をし、源泉徴収などの税金の手続きをしてくれます。そのため売却益が出ていても、確定申告をする必要がありません。

特定口座は、投資信託を取引をする前に口座のある金融機関で申請の手続きが必要となります。また、特定口座内の取引なら、他の投資信託の銘柄や株式とも損益通算をしてくれるので、特に自分では何もする必要がありません。
もちろん分配金も、普通分配金に関して、源泉徴収がされた状態で支払われるので、特に何もする必要はありません。
ただし、特定口座内の取引であっても、確定申告をするケースもあります。特定口座内の損益通算は、その口座のある金融機関での特定口座内だけの計算になります。他の金融機関でも取引を行っている場合、他の金融機関にある特定口座での取引と損益通算したい場合は、自分で申請をしないといけません。なので、複数の金融機関の特定口座での取引の損益通算をしたい場合は、年間の取引報告書などで自分で確定申告を行う必要があります。
ただし、特定口座での取引は、源泉分離課税になりますが、確定申告をすると、総合課税になるので、他の税金が上がったり、扶養に入っている人は、扶養控除から外れてしまう可能性などがあるので注意が必要です。